Через Балтийскую таможню осуществляет свою деятельность 5000 участников ВЭД. Товарооборот за 1 квартал 2020 года составил 5 миллиардов долларов. Было оформлено 53 000 деклараций. Из них на долю импорта приходится 47 500 деклараций, на экспорт — 5 500 штук. Товары импортируются через Балтийскую таможню из 129 стран мира. Лидирующее место занимают фрукты, рыба, полимерные материалы, станки и оборудование. Основными экспортерами являются Китай и Турция.