Томская таможня прекратила свое существование, так как была присоединена к Кемеровской таможне путем реорганизации. Все таможенные посты Томска и виртуальный Центр электронного декларирования переподчинены Кемеровской таможне. Это было сделано с целью повышения качества работы таможенной службы и повышения значимости электронного декларирования. При этом фактически все пункты таможни Томска остаются на своих местах, никуда не переносятся и работают в обычном режиме. Меняется только система управления на местах.

Сотрудники Томской таможни были путем перевода переведены на работу в Кемеровскую таможню. По желанию были предложены места в Сибирском электронном центре декларирования в Красноярске. Процесс реорганизации встал на повестке дня после создания Электронного центра декларирования. Нагрузку на таможенников существенно сократилась, когда все участники рынка смогли пользоваться виртуальной системой заполнения деклараций. Выход на новый цифровой уровень позволяет предоставить качественный сервис, снижает уровень ошибок и количество штрафов из-за просрочки или неправильно поданной декларации.